Bardé de toutes ces attributions, Sully s’adjoint plusieurs conseillers pour devenir le maître incontesté de l’administration financière. Il peut alors œuvrer pour dégager les moyens nécessaires à Henri IV afin de mener à bien sa politique, en s’attaquant à la fois à la résorption de la dette publique et au rééquilibrage du budget de l’État. Dans ces deux domaines, Sully agit avec fermeté, certains diraient même avec brutalité. Il entend en tout cas appliquer les règles de ce qu’il appelle le « bon mesnage », qui lui ont permis d’accumuler une grande richesse personnelle.
Des décennies de guerres civiles - avec leur cortège de mercenaires à payer - aggravées par la gabegie financière des derniers Valois, avaient creusé une dette qui s’élevait encore à quelques 200 millions de livres en 1596, alors que le revenu de l’État ne dépassait guère dix millions annuels. L’effacement de la dette se fit au prix d’un tour de passe-passe qui confinait à l’escroquerie. Tous les créanciers de la couronne, tant français qu’étrangers, furent mis devant l’alternative suivante : tout perdre ou accepter une réduction des remboursements. Convaincus qu’ « un tiens vaut mieux que deux tu l’auras », tous acceptèrent des réductions drastiques de leur créances. Ainsi, l’argent dû aux cantons suisses passa, en 1602, de 36 millions de livres à un peu plus de 16 millions, soit moins de la moitié ! En 1606, la famille du financier italien Rucellai dut accepter 300 000 livres pour le paiement d’une dette qui s’élevait en réalité à plus d’un million ! Le même procédé fut appliqué aux créanciers français, qui se plièrent au procédé car l’ombre de la banqueroute de l’État planait. La méthode, pour le moins cavalière, porta ses fruits. Au moment de l’assassinat d’Henri IV, le remboursement des dettes était presque achevé.
Parallèlement à réduction du passif, Sully engagea des réformes sur les impôts afin de rééquilibrer le budget. Soucieux de la bonne gestion financière tout en désirant permettre à la paysannerie de souffler après des décennies de troubles, il s’attacha à réformer la taille. Cet impôt direct fut réparti de façon plus juste, en utilisant des taux plus doux. Ainsi, la taille qui rapportait encore 18 millions de livres en 1598, passa à moins de 14 millions en 1602 et ne dépassa plus les 16 millions jusqu’à la fin du règne.
En toute logique, Sully augmenta les impôts indirects existants afin de compenser les pertes. Les taxes sur le sel (gabelle), la circulation des marchandises autres que le sel (aides) et les droits de douanes (traites) augmentèrent substantiellement pour doubler entre 1600 et 1610.
Comme cela ne suffisait pas, Sully proposa en 1602 un nouvel impôt que ses contemporains nommèrent « Paulette », du nom de Charles Paulet, secrétaire de la chambre du roi chargé de sa perception.
Par son sens de l’organisation, sa volonté et sa rigueur, Sully assure finalement à Henri IV les moyens de sa politique, tant en matière de grands travaux qu’en politique étrangère. En peu d’années, le principal ministre réussit non seulement à rétablir l’équilibre budgétaire mais aussi à faire des économies. En 1610, cette réserve monétaire placée à la Bastille - dont Sully était gouverneur - renfermait environ cinq millions de livres. Elle aurait dû permettre à Henri IV d’asseoir son pouvoir et de réaliser ses ambitions militaires. Son assassinat vint briser cet espoir. En janvier 1611, Sully remit sa démission à Marie de Médicis et assista, impuissant, à l’anéantissement de son œuvre financière. Le déficit réapparut et, en août 1615, le trésor de la Bastille était vide.